可以，按照现行规定,航空代理公司收取的退票费,属于现代服务业的征税范围,应按照6%税率计算缴纳增值税。所以,公司因公务支付的退票费,属于可以抵扣的进项税范围, 其增值税专用发票上注明的税额,可以从销项税额中抵扣。
一、抵扣进项税条件：
1、企业需要一般纳税人资格,只有一般纳税人企业才能抵扣进项税。
2、需要取得合法有效的抵扣凭证,主要是取得符合规定的增值税专用发票。
3、取得的发票或者使用的范围,必须符合抵扣范围。
4、进项发票所对应的业务交易真实发生。
二、不能抵扣的增值税进项税额是：
1、用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；
2、非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；
3、非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务；
4、国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品；
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》 第五条 国务院税务主管部门主管全国税收征收管理工作。各地国家税务局和地方税务局应当按照国务院规定的税收征收管理范围分别进行征收管理。
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