1、任职期限不同
德国联邦总统任期5年，经再次选举只可以连任一次，但德国总理任职届数没有明确限制，例如，现任德国总理默克尔已经是第四个任期内。
2、职权不同
德国的总统作为国家元首，不属于联邦政府成员，地位就像君主立宪制国家的君主，只拥有形式上的权力和荣誉，没有指挥决策的实权，而德国联邦总理是德国的政府首脑，领导联邦政府的各项工作。
3、产生方式不同
德国总理由议会选举产生，代表自己所在的的执政党执政，联邦总统由联邦大会经讨论而选举产生。凡年满40周岁并享有联邦议院选举权的德国人均可参选。对联邦总统故意违反德国《基本法》或其他联邦法律的行为，联邦议院或联邦参议院可向联邦宪法法院提出弹劾请求。联邦宪法法院经确认可宣告联邦总统丧失职权。