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A、核膜不能被碱性染料染成深色,A错误;
B、核孔不能被碱性染料染成深色,B错误;
C、核仁不能被碱性染料染成深色,C错误;
D、染色体是由生物主要遗传物质的载体,是细胞中可被碱性染料染成深色的物质,D正确.
故选:D.